Cis izomeri, moleküller arasındaki düzenlemenin ve atom gruplarının konumlarının kimyasal özellikler üzerinde nasıl bir etki yarattığını gösteren önemli bir örnektir. Bu yapılar, belirli koşullar altında daha kararlı hale gelebilir ve bu durum, moleküler etkileşimlerin ve bağ kuvvetlerinin dinamiklerini etkileyerek farklı reaktiviteler sunar. Cis ve trans izomerleri arasındaki denge, kimyasal tepkimelerin yönünü belirleyebilir.
Cis izomeri, trans izomerine göre daha az kararlı olarak kabul edilir. Bunun nedeni, cis izomerindeki grupların birbirine yakın olması ve daha fazla sterik engelleme ile bağ gerilimi yaşamasıdır.
Ayrıca, inorganik bileşiklerde cis izomeri genellikle ikisi arasında daha reaktiftir. Bunun nedeni, trans izomerin alkenleri indirgemek için hidrojenlerini uygun şekilde sıralayamaması, cis izomerinin ise farklı şekilde şekillendirildiğinden bunu yapabilmesidir.
